Высшим руководящим органом Общества является Съезд. В период между Съездами руководство Обществом православных врачей России осуществляет его Исполнительный комитет.
Председателем Общества православных врачей России является Председатель Отдела по церковной благотворительности и социальному служению Русской Православной Церкви, который представляет ОПВР во взаимоотношениях с органами государственной власти и органами местного самоуправления, средствами массовой информации, общественными объединениями, иными юридическими лицами и гражданами, в том числе зарубежными, подписывает соответствующие документы и осуществляет духовное руководство Обществом.
Структуру Общества составляют его региональные отделения, создаваемые в субъектах Российской Федерации и именуемые также «Региональные общества». В пределах территории органов местного самоуправления могут быть созданы местные отделения Общества, именуемые также «Местные общества». Местные отделения могут быть созданы только в тех субъектах Российской Федерации, где имеются региональные отделения ОПВР. Местные отделения организационно входят в структуру региональных отделений Общества православных врачей России.
Состав Исполкома ОПВРСостав Ревизионной комиссии ОПВРФ.И.О. | РЕГИОН | E-MAIL | протоиерей Алексий Денисов | Архангельск |  | священник Алексий Борискин | Великий Новгород |  | Давыдова Алена Алексеевна | Смоленск |  |
|